Inmediatamente se puso manos a la obra con varias charlas con plantilla y cuerpo técnico. El club, a través de Mateu Alemany, ratificó a Marcelino García Toral como técnico a pesar de la mala dinámica y de lo lejos que estaba el objetivo del club. Marcelino amenazó con dejar su puesto si era despedido el directivo mallorquín. El mes de marzo era el de conmemorar el Centenario de la entidad, y dio comienzo con el 1 de marzo al cumplirse cien años de la redacción del acta fundacional del club en el hoy desaparecido Bar Torino. También cabe mencionar la aportación de Manu Sarabia, un delantero cuya especialidad era el regate y que es considerado por muchos aficionados como el jugador más talentoso de la época. Además, a Javi Gracia se le pidió al aceptar el cargo que el joven surcoreano Kang In Lee fuese uno de los abanderados del proyecto, pero tras ver que el club no cumplía su palabra respecto a reforzar el equipo dejó de contar inmediatamente con el jugador.
El capitán Dani Parejo, que empezó a ser convocado por Luis Enrique para la selección española, se convirtió en el mejor jugador de la temporada y recuperó por completo el cariño de la afición. Desgraciadamente la temporada no empezó como se esperaba y el fútbol, la coordinación y la lucha del equipo distaba mucho de lo visto la temporada anterior. Todo esto hizo escalar puestos al Valencia hasta tener a tiro el puesto de Champions League que ocupaba el Getafe, equipo revelación del campeonato. Su equipo 2019-20 incluía principalmente a los jugadores sub-20 que jugaron para su equipo juvenil en la temporada anterior, y la mayoría de los jugadores del primer equipo se mudaron a otros equipos profesionales, incluidos varios destacados (Yury Dyupin, Vladislav Kulik, Andrés Ponce) que permanecieron en la Premier League rusa. Quedó una plantilla excesivamente joven, inexperta, con jugadores poco habituales que pasaban a ser titulares indiscutibles para ocupar los puestos de los futbolistas que habían salido. En cuanto a las repercusiones económicas, el club comunicó a sus cerca de 400 empleados el 21 de marzo que no sería necesario llevar a cabo un ERTE que causaría despidos temporales de parte de sus empleados, y que Peter Lim había puesto a disposición del club una línea de crédito abierta por si surgieran la necesidad de cubrir el pago de salarios en el contexto de crisis.
Ocupó su lugar el debutante técnico Albert Celades, con experiencia únicamente en la selección Sub-21 y cuyo agente formaba parte del entorno de Jorge Mendes, principal asesor deportivo y amigo personal de Peter Lim. El rival en octavos de final de la Liga de Campeones fue la Atalanta BC de la ciudad de Bérgamo en la región de la Lombardía, justo la que en febrero de 2020 se convirtió en el principal foco europeo de la expansión de la pandemia por coronavirus. 4-1) disputada en el estadio Giuseppe Meazza de Milán el 19 de febrero, partido que semanas después las autoridades italianas y la OMS consideraron como principal foco de contagio entre los ciudadanos de dicha región italiana. El propio presidente, Anil Murthy, asumió las funciones de la dirección deportiva con el apoyo del secretario técnico Miguel Ángel Corona, dando inicio a los cambios en la plantilla. Las quejas no fueron solo sociales y de exempleados sino hasta del propio técnico Javi Gracia antes de la disputa de la primera jornada, en la que declaró estar triste, decepcionado, poco esperanzado con la llegada de refuerzos y observando cómo la plantilla se iba debilitando con cada salida.
Sin embargo, se decidió mediante una asamblea el cambio total del mismo por uno más acorde a las nuevas circunstancias. Agrupación de Peñas Valencianistas, tras celebrar una asamblea extraordinaria, emitió un comunicado exigiendo la destitución del presidente Anil Murthy y un cambio en la gestión de Meriton Holdings al frente del club. Anil Murthy y el consejero ejecutivo Kim Koh, por lo que se tomó la decisión de aumentar sus salarios hasta 2,7 millones de euros. Las salidas de estos dos últimos fueron considerados parte de la purga que el presidente Anil Murthy estaba llevando a cabo en todos los estamentos del club para que solo quedase gente de su entera confianza y fieles a las órdenes de Meriton Holdings. El 26 de febrero, el Real Madrid gana 1-3 en el Camp Nou con un partido excelente y elimina al Barcelona en las semifinales de Copa por un resultado global de 4-2, llegando Mourinho a su segunda final de Copa con el Madrid. Tras eliminar al Real Betis en semifinales, el club se clasificaba para la final de la Copa del Rey tras once años sin disputar ninguna final.
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