Y el Atlético Chalaco quedó en el tercer lugar camisetas brooklyn nets con 6 puntos. Millonarios 7-3; en esta ocasión clasificó a los cuadrangulares semifinales, pero terminó tercero, detrás de América de Cali y Atlético Nacional. En el campeonato de 1940, de ocho clubes en la liga nacional el Atlético Chalaco obtiene el sexto lugar. Después del retorno de la selección de las olimpiadas, ese año se llevó a cabo un par de partidos para seleccionar a los jugadores que formarían la selección nacional que participaría en el Campeonato Sudamericano 1937, es así que el 8 de noviembre mientras se jugaba un partido entre el Club Alianza Lima y un combinado de varios jugadores de la división de honor, que el defensa aliancista Víctor Lavalle lesiona gravemente al jugador Jorge Chávez Boza perteneciente a las filas del Club Atlético Chalaco, dejándolo mal herido, pues luego del accidente los doctores le tuvieron que amputar la pierna debido a la gravedad de la lesión, pero a pesar de esto falleció a los pocos días debido a la gangrena.
En 1934 participan siete clubes y Atlético Chalaco obtiene el título, con jugadores como Mario de las Casas, Antonio Maquilón Andrés Álvarez, Alejandro Quiroz Noli, Manuel Puente, Fermín Machado, entre otros. En 1935, participan seis clubes y Atlético Chalaco de nuevo obtiene el título, coronándose bicampeón, e imponiéndose como el mejor equipo Chalaco de la época. En el Campeonato de 1927 donde participaron 8 clubes, sale campeón el Sport Alianza, en cuarto lugar queda el Atlético Chalaco. En el Campeonato de 1928 con 19 clubes participantes se jugó en dos grupos, donde Atlético Chalaco clasificó al grupo de campeonato detrás de Sport Alianza, que ese año cambio al nombre de Club Alianza Lima. Siendo Sport Boys uno de los pocos equipos que se mantiene en los Campeonatos regentados desde Lima. Ese mismo año de 1947 se realizó el campeonato relámpago nacional, donde el Atlético Chalaco salió campeón, es así que un mismo año ‘la furia chalaca’ ganó dos campeonatos. En el campeonato de 1947, bajo la presidencia de Mario Chiabra y dirigido por José «patuto» Arana, el Atlético Chalaco vuelve a consagrarse campeón nacional, luego de la derrota que sufrió el Deportivo Municipal, que venía en segundo lugar, ante el Sporting Tabaco por 4 a 1 el día 25 de octubre por la última fecha del torneo.
Durante el torneo de 1945 disputó el primer lugar con Universitario de Deportes y Deportivo Municipal, hasta que una derrota en la penúltima fecha ante Alianza Lima por 3 a 1 lo alejó del título que finalmente fue del cuadro crema. El partido se jugó el 7 de diciembre donde logró dar vuelta al gol inicial de Jorge Koochoi para Alianza logrando el triunfo por 2-1 con goles de «manolo» Puente en la segunda parte. Todo esto se debió a los reclamos por razones extra deportivas de parte de la diligencia limeña en contra de los clubes del Callao. Participaron 13 clubes y resultó campeón la Federación Universitaria y en décimo puesto queda Atlético Chalaco. Para el Campeonato Peruano de Fútbol de 1946 el Atlético Chalaco ocupó el sexto puesto. Chalaco finalizó en el penúltimo lugar en el Campeonato Peruano de Fútbol de 1951. Al año siguiente formó un equipo que se ganó el apodo de «Ballet Porteño» por su buen juego donde obtuvo el Campeonato Apertura y disputó el título del campeonato de 1953 hasta las fechas finales destacando el trío ofensivo formado por los argentinos Antonio Aguiar, Luis López y Gualberto Bianco.
El equipo emprendió una exitosa gira por Europa entre fines de 1951 y principios de 1952, Las victorias más importantes fueron ante el Real Madrid en el Bernabéu y Manchester City en Maine Road, siendo el primer equipo argentino en vencer en Inglaterra. El deporte ganó rápidamente popularidad y se expandió por las universidades y colegios norteamericanos a principios del siglo XX. En el campeonato de la Liga Amateur de Fútbol del Callao de 1968 sumó una pésima campaña en el décimo segundo lugar del torneo, estando casi igual en la Liga Amateur del Callao de 1969 cuando estuvo cerca de bajar a la Segunda Amateur del Callao manteniendo la categoría en las fechas finales. Para entonces el club entró en una etapa de dificultades económicas que lo llevaron a perder la categoría ese año bajando a jugar en 1963 la Segunda División. Para el campeonato de 1949, se ubicó en el séptimo lugar de ocho equipos, pero no hubo descenso ese año. En 1933 participan ocho clubes y obtiene el título el Alianza Frigorífico Nacional, mientras que el Atlético Chalaco queda quinto.