Para afrontar la temporada en Regional Preferente, la de 1982/83 se contó con un joven entrenador, Quique Hernández, camiseta de fútbol que con 23 años había dirigido al Quart y perdido la categoría como colista. ↑ «El pequeño Vladimir Hernández, camiseta valencia cf 2025 tras la gloria con Junior en Sudamericana». Wikimedia Commons alberga una categoría multimedia sobre Junior de Barranquilla. En el mercado invernal vinieron Darwin Machís, Selim Amallah, Martin Hongla y Cyle Larin con la intención de subir el nivel del equipo, pero las lesiones de los dos primeros no les permitieron formar parte del equipo, algo que si lograron los dos últimos sobre todo Larin que acabó como pichichi del equipo con 8 goles. Para 1944 se había agotado el dinero donado por el Municipio y el posterior aportado por Manuel Briceño Pardo y Alberto Lega, pero afortunadamente se decide conformar una Primera Junta con el nombre de Millonarios (eliminando por primera vez el nombre de «Municipal»), bajo la presidencia de Francisco Afanador y que gracias a los aportes de los dirigentes, logra devolver a la normalidad la situación financiera del equipo, además se tenía como objetivo gestionar y cristalizar el proyecto de un club organizado de nivel profesional y se continuó consolidando esta idea en los siguientes dos años, teniendo como hechos principales, camisetas de fútbol dos reuniones celebradas en el Teatro Atenas en noviembre de 1945 y la segunda el 22 de mayo de 1946 donde se firma el Acta 001 y se lleva a cabo la primera asamblea general de la nueva institución.
Liga de fútbol de Cundinamarca, logrando en ese mismo año el título y el ascenso a la primera categoría, en la que participó de 1941 a 1945 en la que consiguió cuatro títulos (1941, 1943, 1944 y 1945) y un tercer lugar (1942), haciéndolo el equipo más ganador de la época amateur, antes del inicio del profesionalismo colombiano. Debido a las obras de remodelación del Estadio de la Cerámica, el club disputó cuatro de las seis primeras jornadas fuera de casa, cosechando dos triunfos, un empate y tres derrotas en esos partidos, lo que llevó a la sustitución del entrenador, dando entrada a Javi Calleja. Entre los que destacan la Pequeña Copa del Mundo de Clubes de 1953, el Campeonato de las Bodas de Oro del Real Madrid de 1952, el cual obtuvo en el Estadio Santiago Bernabéu, o los Trofeos Duelo de Campeones de 1950 y 1951, que le dieron el calificativo del equipo embajador. Alfonso Senior trabajaba como director de Roldan Calle y Compañía Agente de Aduanas en Santiago de Cali y en gran parte manejaba en esa época el fútbol de la capital vallecaucana junto al secretario de hacienda, Pascual Guerrero, allí se conoció con Mortola que manejaba el espectáculo de ‘‘La Ciudad de Hierro’’ que venía de Bogotá, y le comentó en cierta ocasión a Senior que en Bogotá existía un equipo llamado Club Deportivo Municipal con inmejorables figuras argentinas y colombianas al que también llamaban «Los Millonarios» y le sugirió traerlo de gira a Santiago de Cali porque este equipo jugaba muy bien al fútbol, Senior aceptó porque ya había oído hablar de Millonarios.
Millonarios tiene sus raíces en 1937, cuando un grupo de estudiantes del Colegio San Bartolomé de Bogotá creó el Club Deportivo Municipal. Colegio Mayor de San Bartolomé (Carrera Séptima con Calle 9), en el Centro Histórico de Bogotá, a la que asistieron los hinchas más fieles que ya tenía el Deportivo Municipal (unas 200 personas), bajo escritura pública número 2.047 de la notaría tercera del circuito de Bogotá. El 18 de junio de 1946, bajo la dirección del empresario Alfonso Senior, se fundó y constituyó legalmente con el nombre de «Club Deportivo Los Millonarios». El 28 de enero de 1939 (ya con el agregado de «Independiente» en el nombre para aclarar su desvinculación del Municipio), debutan los tres argentinos ante la Selección de Antioquia a la que vencen por (5:4) con goles de Lucífero en tres ocasiones, Carvajal y «Nacho» Izquierdo, en lo que fue todo un espectáculo para el fútbol de la ciudad pues era la primera vez que un equipo de Bogotá (y del país) formaba con jugadores extranjeros. El 13 de agosto de 1939, en reunión en el Café «El Gato Negro» (calle 16 con carrera octava) denominaron oficialmente el equipo como «Los Millonarios», como parte de un agregado en su nombre (tal como figura en las plaquetas de conmemoración de ese día), en una especie de relanzamiento y refundación del club, que tuvo lugar en esa fecha, cuando golearon por 6-0 al Deportivo Barranquilla, con goles de Luis Timón (1-0 «en franco offside», y 5-0), Martínez, Ruiz Díaz, Zapata y autogol de López.
Fue entonces denominado Club Municipal de Deportes, convirtiéndose así en el equipo oficial de la ciudad de Bogotá y recibiendo el escudo (el actual) y los colores (en esa época, Blanco y Negro) oficiales de la ciudad. Tras regresar de Panamá y con el equipo a punto de desaparecer, «Nacho» Izquierdo aprovechó que se avecinaba la primera edición de los Juegos Bolivarianos que se celebrarían en Bogotá y encontró en este grupo inicial el entusiasmo para conformar un cuadro más estructurado, por lo que el equipo volvió a representar a la Selección Colombia. Pasado un año de vida, el equipo rápidamente continúa ganando el apoyo de la gente gracias a sus contundentes triunfos, por lo que en un sorprendente hecho, todos sus jugadores, dirigidos por su vocero Ignacio «Nacho» Izquierdo (primer hombre importante en la historia de la institución) son convocados para formar la primera selección de fútbol de Colombia de la historia, que participó por primera vez en el mes de febrero en los Juegos Centroamericanos y del Caribe celebrados en Ciudad de Panamá, consiguiendo la Medalla de Bronce en un excelente debut. Pero no solo eso, el equipo recibe el apoyo de la ciudad y es adquirido por la Municipalidad y el Concejo de Bogotá y recibe su auxilio económico.