El marcador no pudo ser cambiado y Boca conquistó su segundo nueva camiseta del valencia título intercontinental. Un día después de esta derrota Joaquín Caparrós deja de ser entrenador del Granada. El «pichichi» del torneo fue Lángara, con 23 goles, y «el Zamora» fue de nuevo Óscar Álvarez con 21 goles encajados en 18 partidos. El portero, Óscar Córdoba, fue figura y Boca obtuvo en La Bombonera, su cuarta Copa Libertadores. Su primer gol oficial llegó en Copa del Rey el 1 de noviembre de 2012, cerrando la goleada 0-4 en la ida de los dieciseisavos de final frente a la Ponferradina en El Toralín. Vuelve a la promoción de ascenso y tras cuatro años en Segunda B consigue subir a Segunda División tras derrotar al Alcoyano (quién lo eliminó del ascenso hace dos años) y al Real Oviedo en las dos primeras fase y al Hospitalet en la fase final. A su vez, como campeón de América, Boca debió enfrentar por la Copa Intercontinental, al campeón de Europa, el Real Madrid de Roberto Carlos, Raúl y Figo, designado el año anterior por la FIFA como el mejor equipo del siglo XX y ampliamente favorito en los pronósticos de la prensa especializada y las apuestas.
Además el club vendió a jugadores vitales como Walter Samuel, José Basualdo, Martín Palermo entre otros, mientras Juan Román Riquelme se enfrentaba sorda, pero duramente con Mauricio Macri. Si bien gracias a sus dos goles Martín Palermo fue premiado como el jugador más valioso de la final, la actuación de Juan Román Riquelme fue consagratoria y reconocida mundialmente. Para el Torneo Apertura 1997 se incorporaron jugadores que serían muy importantes para Boca, como Martín Palermo, los mellizos Gustavo y Guillermo Barros Schelotto, los colombianos Jorge Bermúdez y Óscar Córdoba, Walter Samuel y el peruano Nolberto Solano; el equipo tuvo una notable mejoría con respecto a torneos anteriores, pero finalizó subcampeón a un punto de River Plate, que para colmo obtuvo su tercer tricampeonato. El partido se definió por los penales en donde Boca acertó los cuatro que pateó y Óscar Córdoba se convirtió en el héroe de la noche al atajar dos remates. Por justas deducciones ha venido a saberse que el enérgico Papa murió el veintinueve de noviembre de mil cuatrocientos veintidós, cuando había cumplido noventa y cuatro años. ↑ Web Copa Mustang (27 de noviembre de 2005). «2001 – NUEVO FRACASO». En la Copa Libertadores sufrió la peor derrota en competiciones internacionales al perder 1:6 contra el Palmeiras.
Sin embargo, con la vigencia de Juan Román Riquelme, el aporte de Marcelo Delgado y con Carlos Bianchi en el banco, el equipo ganó la Copa Libertadores después de vencer en semifinales previamente al conjunto finalista del año anterior, al Palmeiras por penales. En esas condiciones, Boca quedó lejos de la punta en el Torneo Clausura, pero le ganó a River Plate 3:0, en un recordado partido en La Bombonera, en el que Juan Román Riquelme festejó su gol con él, desde ese momento, famoso saludo «Topo Gigio» y que en realidad era un mensaje contra Mauricio Macri. El arte, el fútbol, el talento, la diferencia, llevaron el nombre de Juan Román Riquelme. Las generaciones de socios y aficionados de la institución crecieron con la versión que la entidad había cambiado su nombre como si se hablará de distintas instituciones. Los disparos, como todos sabemos hubo disparos, hasta que yo sé con perdigones de la Guardia Nacional, hubo gases lacrimógenos, los disparos que han hablado mucho en esta digna Comisión. Luego de obtener cinco títulos entre 1989 y 1993, Boca no volvería a ganar ningún torneo oficial hasta 1998. En ese lapso saldría una sola vez subcampeón en once torneos y sufriría las peores derrotas de su historia.
12 años después de su primer título, cosechando de esta forma el título número 75 de su carrera, el segundo en la capital china y el número dieciocho en pista dura, su primer título en la Gira Asiática desde Tokio 2010, siendo además el número diecinueve en la categoría ATP Tour 500, lo que le coloca como jugador con más títulos en dicha modalidad, deshaciendo el empate que mantenía con el suizo Roger Federer y además convirtiéndose en el tenista más exitoso del año con 6 títulos. «El Virrey» venía de tener un extraordinario desempeño como DT de Vélez (6 títulos en tres años), camiseta valencia nueva club para el cual había jugado y del cual es su máximo goleador histórico (noveno del fútbol argentino). Como curiosidad, en ese torneo, Maradona falló cinco penales seguidos. Mauricio Macri, quien había asumido la presidencia del club en 1995, inició tratativas para contratar como técnico a Passarella, un histórico de River, pero ante la sorda oposición de los simpatizantes, éste rechazó la oferta, despejando el camino al otro candidato sondeado: Carlos Bianchi. El 5 de abril debutó contra Patronato en condición de visitante, comenzando perdiendo desde el minuto 2, sin embargo en la etapa final del partido, Dorlan Pabón, apareció con un doblete para terminar ganando en el debut de Copa Libertadores 2-1. El 20 de abril jugando desde el Estadio Metropolitano Roberto Meléndez, (debido a disturbios de la barra «los del sur», unos días antes en el Atanasio Girardot), logró vencer nuevamente en la Copa Libertadores, esta vez ante Melgar, con un triplete de Dorlan Pabón, el partido al final terminó 3-1. El próximo partido, por Copa Libertadores, el 2 de mayo, ya jugando en el Atanasio Girardot, empató 2-2 ante Olimpia, con goles de Dorlan Pabón, y Cristian Castro Devenish, los goles del equipo paraguayo los hizo Fernando David Cardozo, y Facundo Bruera.