Con la reestructuración de la Segunda División tras la Guerra Civil, el club experimentó un cambio en la temporada 1939/40 cuando fue incluido en el Grupo IV de dicha categoría, camisetas retro manchester united jugando así su única temporada en Segunda División. Las dos traineras que mejor queden en el Play Off mantendrán o subirán de categoría, mientras que la trainera clasificada en el último puesto desciende directamente. ↑ «La LNFS crea las Academias Internacionales RED BLUE». Diana García perforó la red en dos ocasiones, al 10′ y al 59′, doblete ‘adornado’ por un golazo fuera del aire que venció a la arquera de ‘tuzas’, el tercero fue obra de Rebeca Bernal. Durante esa temporada en Segunda División, el Imperial compitió contra el Real Murcia, ya que por aquel entonces no era su equipo filial. Además, la tercera equipación del primer equipo, el Real Murcia, corresponde a la segunda equipación blanca del Real Murcia Imperial. Después de casi 15 años compitiendo en la Tercera División, en la temporada 1994/95 el equipo descendió a Preferente al descender el primer equipo, el Real Murcia, a la Tercera División. Con motivo del centenario del Imperial CF en 2024, el Real Murcia decidió que en la temporada 2024/25 el Real Murcia Imperial vistiera una primera equipación diferente a la del Real Murcia, su primer equipo.
En la temporada 1929/30, el Imperial debuta en Tercera División, en el Grupo VII, donde se mantuvo en los puestos altos durante varias temporadas. Después de varias temporadas en Preferente, el equipo regresó a Tercera División en la temporada 1980/81. A partir de 1993, por orden de la RFEF, el club cambió su nombre a Real Murcia Club de Fútbol «B». En 2008, el equipo adoptó el nombre de Real Murcia Imperial Club de Fútbol. Es el equipo filial del Real Murcia. Al finalizar la temporada 1951/52, el equipo dejó de competir durante dos temporadas debido a problemas económicos. Este estilo de camiseta (rayas rojas y blancas) fue utilizado durante varias temporadas en sus inicios, incluyendo la temporada 1939/40, en la que el equipo jugó su única temporada en Segunda División. Es el equipo con más temporadas en la historia de Tercera División, con un total de 68 temporadas disputadas hasta la temporada 2020/21, última temporada en la que se disputó esta competición. En la temporada 2007/08, el Real Murcia «B» logró el ascenso a Segunda División B al vencer en la final de la promoción de ascenso al CD Tudelano con un resultado global de 6-3. El equipo disputó el primer partido de su historia en esta categoría enfrentándose al Lorca Deportiva CF y obteniendo una victoria por 2-1 con dos goles de Matías Alonso.
En la temporada 1954/55, el Imperial volvió a competir en Tercera División y se mantuvo en esta categoría hasta la temporada 1970/71, cuando descendió a Preferente. En la temporada 2010/11, el Real Murcia Imperial volvió a jugar unos partidos de ascenso para regresar a Segunda División B, pero perdió en primera ronda contra el UD Almansa. En la temporada 1995/96, aunque el equipo quedó muy lejos de los puestos de ascenso, el Real Murcia «B» regresó a la Tercera División al comprar la plaza del Cehegín CF. Tuvieron que pasar casi 10 años hasta que el Real Murcia Imperial volviera a tener la oportunidad de ascender, esta vez desde la Tercera Federación hacia la Segunda Federación en la temporada 2023/24. Tras superar las dos rondas regionales, el Real Murcia Imperial se enfrentó en la última ronda contra el CD Coria, pero perdió la eliminatoria con un global de 5-2. Actualmente, el equipo continúa en Tercera Federación.
Una vez en España, las víctimas pasaban a cargo de los responsables de equipo, quienes tras asegurarse que no podrían conseguir más dinero de sus víctimas, procedían a su abandono. Ambas equipaciones presentan el escudo histórico del Imperial CF con el águila bicéfala, en vez del escudo del Real Murcia. No volvió a tener la oportunidad de jugar unas eliminatorias de ascenso hasta la temporada 2014/15. En esa temporada, aunque perdió en segunda ronda contra el CD Llosetense, ya se sabía desde hacía semanas que el equipo no podía ascender a Segunda División B porque en esa categoría jugaría el Real Murcia la próxima temporada, al no haber superado las eliminatoris de ascenso a la Segunda División. En 1943, el club regresó a Tercera División por invitación de la Real Federación Española de Fútbol, permaneciendo en esta categoría durante varios años. En este torneo participan todos los clubes de la Primera y Segunda División del fútbol luso. En 1941, manchester united camiseta el club cambió su nombre a Imperial Club de Fútbol por orden del Gobierno español. El club se fundó el 26 de septiembre de 1924 como Imperial Foot-ball Club.