Sin embargo, tras lograr vencer a Atlanta y Filadelfia, alcanzaron las Finales de la Conferencia Este, donde se enfrentaron a Miami Heat, camisetas oklahoma city thunder quienes les cerraron el pase a las Finales de la NBA tras una eliminatoria a siete partidos. Se dice que la idea del nombre surgió del lateral derecho uruguayo Luis Malvárez, que en esos tiempos de condiciones miserables de trabajo, dijo una vez en el vestuario: “Somos los camboyanos, estamos solos y no damos nada por perdido”. En honor a dichos nueve jugadores se creó la bandera que los representa, con 9 estrellas y 9 bastones, 5 azules y 4 rojos. Esta bandera flamea en el mástil derecho de la tribuna popular del Estadio Pedro Bidegain. La bandera oficial del Club Atlético San Lorenzo de Almagro representa a nueve jugadores. Pero luego se discontinua las actividades hasta que nuevamente se unen nueve jugadores que vuelven a Club Atlético San Lorenzo de Almagro y le dan base a su equipo de fútbol para comenzar su proyección en el fútbol Argentino.
Disputaría todas las ediciones de la Copa Mercosur, llegando a las semifinales en 1998 y 1999, siendo eliminado en Fase de grupos en 2000. Sin embargo, en 2001 San Lorenzo conseguiría su primer Copa Internacional Conmebol en 2001 al derrotar a Flamengo de Brasil por penales, así, San Lorenzo se convertiría en el único equipo argentino en ganar la Copa Mercosur, cortando el dominio de los equipos Brasileros en la competición. Se toman en cuenta todos los partidos oficiales reconocidos por AFA y Conmebol (torneos locales amateurs y profesionales, copas nacionales AFA, torneos internacionales AFA/AUF y torneos internacionales Conmebol). Siempre teniendo en cuenta que la compra es segura y los envíos son tratados con la máxima diligencia. Otro motivo para su inmediata difusión y aceptación fue que con él se lo opone a su clásico y eterno rival, el Club Atlético Huracán. El Club Atlético San Lorenzo de Almagro figura en algunas encuestas como el cuarto equipo en mayor cantidad de simpatizantes en todo el país. Los Cuervos: debido al color negro de su sotana a los sacerdotes jesuitas se los solía identificar como cuervos, como el club tomó su nombre del padre Lorenzo Massa, la identificación se extendió a sus simpatizantes.
Pos. Equipo % de simpatizantes Cant. El Ciclón: fue utilizado por el periodista Hugo Marini para referirse a la contundencia con la que el equipo atacaba y ganaba por los años 30. Las goleadas que conseguía hicieron que se lo bautizara como El Ciclón de Boedo, apodo que rápidamente copiaron muchos periodistas. Por ejemplo, Popeye Jones, entrenador asistente de los Indiana Pacers desde 2014, ganó alrededor de $17,2 millones en su carrera de 10 años como jugador de la NBA. De hecho, cuando James tenía 12 años pasó gran parte del verano viviendo con la familia de Joyce. Cada partido que disputan los cinco grandes entre sí se vive con mayor intensidad que cualquier otro y la rivalidad que comparten todos estos equipos se remonta a los inicios del fútbol (son los 5 clubes más populares y ganadores de la historia del fútbol argentino). Son dos de los clubes más populares, antiguos y de los más ganadores de la historia del fútbol argentino siendo, en consecuencia, el tercer clásico más importante del país en cuanto a suma de títulos oficiales (nacionales e internacionales) obtenidos por ambos clubes, con un total de 35 títulos entre las dos instituciones (San Lorenzo 5.º con 22 títulos y Huracán 8.º con 13); solamente detrás del Súperclásico Argentino y del Clásico de Avellaneda.
En 1960, San Lorenzo se convirtió en el primer club Argentino en disputar la Copa Libertadores de América, donde fue eliminado en una polémica semifinal por Peñarol, en donde los dirigentes regalaron la localía en el tercer partido. A mediados de diciembre de 1946, San Lorenzo empezaría una Gira por Europa con un equipo llamado «El Terceto de Oro» y finalizaría en febrero de 1947. en esta gira San Lorenzo venció a la Selección de España, la Selección de Portugal, al Atlético Madrid y al Porto, empatando con Sevilla, Valencia, Deportivo la Coruña y Athletic Club, y perdiendo únicamente con el Real Madrid. La diferencia en faltas y libres lanzados habla por sí sola (15 faltas blancas por 24 faltas naranjas; 37 tiros libres del Madrid por 17 del Valencia) y demuestra que en el baloncesto, cada detalle y cada punto suman y suponen un mundo. Según una encuesta para el Diario La Nación de la consultora Gallup Argentina sobre 1254 personas, indica que Boca y River acaparan el 62% de las preferencias. En 2002, San Lorenzo se convertiría en el primer equipo en ganar la Copa Sudamericana, al derrotar en un aplastante 4-0 a Atlético Nacional en la Final, siendo esta la máxima goleada de la historia de la Copa en una Final, récord que fue igualado por la Universidad de Chile en 2010. En el camino eliminó a Monagas, Racing Club y Bolívar.