Fue fundado en 1983. Comenzó jugando en el ya desaparecido campo de fútbol de la carretera del cementerio, junto a la antigua fábrica de cartón. En el Torneo Apertura 2011, Santa Fe comenzó su participación en la liga disminuido por las dificultades económicas producto de la falta de patrocinio, pero integrando una nómina con refuerzos de renombre en el fútbol colombiano como Ariel Carreño, Gerardo Bedoya y Sergio Galván. En cuanto a las participaciones, Brasil es el único equipo presente en todos los eventos (22 en total). Torneo Apertura 2002) como segundo en la tabla general del Torneo Apertura, cuando Santa Fe disputó el cupo a la final frente a Envigado F.C., Atlético Huila y Once Caldas en el cuadrangular B. Después de vencer como local al Huila y como visitante al Caldas, Santa Fe se jugó la clasificación a la final en Bogotá enfrentando a Envigado, en un choque que perdió 2:0. En su visita al equipo antioqueño logró reponerse y con gol de Luis Yanes lo venció 1-0 en los últimos minutos del partido. Finalmente con una fecha de anticipación, Santa Fe se coronó por sexta vez campeón de Colombia, dejando en segundo lugar a Millonarios y clasificando así a la Copa Libertadores 1976. Por aquel entonces Guillermo Chiva Cortés era el presidente del club y el técnico fue el chileno Francisco Hormázabal.
Millonarios 7-3; en esta ocasión clasificó a los cuadrangulares semifinales, pero terminó tercero, detrás de América de Cali y Atlético Nacional. 13, cerrando así una mala década en el campeonato nacional. 1981, y tras el asesinato del juez Bolivarense Álvaro Ortega, que obligó a la cancelación inminente del campeonato colombiano de ese año. Para esta época, y bajo la dirección técnica de Jorge Luis Pinto y Diego Edison Umaña respectivamente, se destacaron con el equipo Freddy Rincón, Eduardo Niño, Wilmer Cabrera, Germán Morales, Hernando Cuero, Jorge Alberto Taverna, Osvaldo Coloccini, José Romeiro Hurtado, Astolfo Romero, Juan Carlos Rodríguez, Hamir Carabalí, Manuel Acisclo Córdoba, Víctor Lugo, Edison Álvarez, Juan Carlos Cabanillas, Óscar Alfredo Rifourcat, Álvaro Silva, William Palmero Morales, Mario Jiménez, Jorge Policía Ramírez, camiseta inter de milan Sergio Checho Angulo y Armando Pollo Díaz. Nómina campeona de la Copa Colombia 1989: José Fernando Hernández, Wilmer Cabrera, Hernando Cuero, Manuel Rincón, Miller Cuesta, William Palmero Morales, Tulio Hernán Guerrero, José Romeiro Hurtado, John Edison Álvarez, Manuel Acisclo Córdoba, Héctor Ramón Rambo Sossa, Armando Pollo Díaz, Germán Morales, Adolfo Tren Valencia, Freddy Rincón, Luis Alfonso Cheo Romero, Eduardo Niño, Víctor Manuel Rozo, Roberto Alfonso Cañón, Carlos Alberto Baquero, Juan Carlos Rodríguez, Adolfo Holguín, José Freddy Hurtado, Dorian Zuluaga, Fabián Martínez, Rubén Darío Ramírez, Fernando Vásquez y Alfredo Hurtado.
Nómina campeona 1975: Luis Gerónimo López, Moisés Pachón, Óscar Bolaño, Alonso Cachaco Rodríguez, Teófilo García, Ramiro Bimbo Viáfara, Leonardo Recúpero, Héctor Javier Céspedes, Juan Carlos Nene Sarnari, Alfonso Maestrico Cañón, Ernesto Teto Díaz, Carlos Alberto Pandolfi, José Antonio Caneca Tébez, Bernardo Chía, Hernando Piñeros, Rafael Pacheco, Óscar Papi Mejía, James Mina Camacho, Germán Basílico González, Luis Alberto Montaño, Janio Cabezas, Darío López, Luis Fernando López, Augusto Rangel, José de los Santos Romero y Heliodoro Vásquez. Nómina De La Final Copa Conmebol 1996: Rafael Dudamel, Nelson Rolo Flórez, Wilson Gutiérrez, Orlando Garza Garcés, Óscar Upegui, Roberto Vidales, Jorge Salcedo, Robert Villamizar, Francisco Pacho Wittingham, Silverio Ramón Penayo, Gustavo Díaz. Nómina campeona en Copa Colombia 2009: Agustín Julio, Sergio Otálvaro, Andrés Felipe González, Carlos Enrique Valdés, Ricardo Villarraga, Maximiliano Flotta, Yulián Anchico, Juan Carlos Quintero, Luis Manuel Seijas, Julio Gutiérrez, Cristian Nazarit, Camilo Vargas, Jairo Suárez, Omar Sebastián Pérez, Mario Efrain Gómez, Mario Alejandro González, Daniel Alejandro Torres, Daniel Vélez, Emanuel Acosta, Francisco Pacho Delgado, Javier Arizala, Alejandro Bernal, Osneider Álvarez, Daniel Néculman, José Adolfo Trencito Valencia, Yovanny Arrechea, Diego Fernando Moreno, Misael Camargo, y Carlos Mario Castro. Sin embargo debido al buen rendimiento del equipo durante casi toda la temporada, esté logra ubicarse al final de la misma en la tercera posición de la reclasificación, asegurando por segundo año consecutivo la participación en la Copa Sudamericana.
En el Torneo Apertura 2003 culminó en el puesto 16, mientras que en el Torneo Finalización 2003 apenas es 13.º, cerrando el año en la posición 15° en la reclasificación con 42 puntos. Terminó en la posición 14 con 21 puntos. Al final de la temporada, luego de acceder nuevamente a los cuadrangulares semifinales del Torneo Finalización 2005 con 29 puntos en el octavo lugar, Santa Fe no consiguió clasificar a la final como sí había ocurrido en el Torneo Apertura; quedó al término de esta fase como tercero del cuadrangular B con 8 puntos. Debido a ese hecho y una polémica entre el entrenador y el periodista Carlos Antonio Vélez por la posible llegada de Hernán Darío Gómez a dirigir a Santa Fe, el técnico Pecoso dejó su cargo al término del torneo. Justamente, para el Torneo Finalización 2008, Hernán Darío Bolillo Gómez fue nombrado entrenador de Santa Fe. El 3 de mayo, luego del empate 1-1 frente a Atlético Nacional, Bolillo renunció de nuevo, pero esa vez los directivos de Santa Fe aceptaron su dimisión.
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