Tras una merecida semana de descanso, el 14 de enero empezó el primer Grand Slam de la temporada: el Abierto de Australia, camiseta valencia nueva donde le tocaba defender cuartos de final tras caer ante el chileno Fernando González en esa instancia el año pasado. A pesar de esta clara derrota el «balear» logró una gran actuación en el primer Grand Slam del año, llegando a su 1.º semifinal en Melbourne y además alcanzando los 5,980 puntos en el ranking ATP, quedando a solo 650 puntos de Roger Federer luego que el suizo cayera antes Novak Djokovic en semifinales, aunque a la vez también se acorto la ventaja de puntos que tenía con el serbio, quedando el «balcánico» a solo 815 puntos del español, de todos modos, con los resultados en Australia, Rafa podía alcanzar la cima del mundo durante el circuito en pista cubierta en Europa en caso de lograr buenos resultados.
En cuartos de final, se enfrentó a otro español, Nicolás Almagro (20.º del mundo), en el día de su cumpleaños 22, Rafa aplastó al murciano por un triple 6-1 en solo 1 hora y 44 minutos avanzando a semifinales sin ceder un solo set y jugando un tenis fantástico. Ese día derrotó al equipo madrileño Agrupación Deportiva Ferroviaria por cinco goles a dos, proclamándose campeón de la Copa Presidente. Una herramienta de protesta inventada por la propia Oltra, cuando un día por otro pedía la cabeza de Camps con frases pegadas a sus pechos. Luego ganó partidos consecutivos de cinco sets durante la tercera y cuarta ronda de Wimbledon, antes de ser derrotado por Federer en una final de cinco sets. Campeón en Barcelona por segundo año consecutivo tras deshacerse de Tommy Robredo en la final, y campeón también consecutivamente en los Masters Series de Montecarlo tras derrotar sucesivamente a Guillermo Coria, Gastón Gaudio y Roger Federer y en Roma venciendo nuevamente a Federer en la final tras cinco mangas, dos bolas de partido salvadas y cinco horas de juego. Cinco días después de su derrota, decidió jugar la serie de cuartos de final contra Alemania en AWD-Dome (Bremen) sobre cancha dura bajo techo, serie a disputarse entre el 11 y 13 de abril.
Tras varios días de tratamiento y recuperación para su pie, regresó a la semana siguiente en el Masters de Hamburgo, único Masters Series sobre arcilla que faltaba en su palmarés, Nadal llegaba con la presión de poder perder su condición de n.º 2 del ranking, hecho que no se producía desde que ascendiera a ese puesto el 25 de julio de 2005. En 2.ª ronda, su rival sería el italiano Potito Starace, al que doblegaría por un luchado 6-4 y 7-6(6). En octavos, se enfrentaría al británico Andy Murray, a quien venció con más facilidad por 6-3 y 6-2. En cuartos de final se enfrentó a su compatriota Carlos Moyá, a quien también venció fácilmente por 6-1, 6-3 en 1 hora y 15 minutos. Andreas Seppi fue el primero en morder el polvo en un grandísimo partido que se decantó del lado español por 6-0, 6-4 y 6-3. Posteriormente, el decisivo encuentro de dobles (con la eliminatoria empatada a un punto Nadal y Fernando Verdasco lograron imponerse a Daniele Bracciali y Giorgio Galimberti por 6-2, 3-6, 6-3 y 7-6, camiseta nueva valencia lo que dejó al propio Nadal con la opción de sentenciar la eliminatoria; y no falló. Debutó en 2.ª ronda venciendo al italiano Potito Starace por 6-4 y 6-2. En 3.ª ronda batió al español Feliciano López por 6-4 y 6-3. En cuartos de final venció al argentino Juan Ignacio Chela por un cómodo 6-4 y 6-2. En semifinales se enfrentó a la sorpresa del torneo, el alemán Denis Gremelmayr, con quien no tuvo compasión y aplastó por 6-1 y 6-0 en 51 minutos.
En la final se midió por primera vez en la temporada al suizo y n.º 1 del mundo Roger Federer, con un Head To Head favorable al español por 8-6 (6-1 en tierra batida) y enfrentándose por tercer año consecutivo en la final del Principado (las 2 anteriores triunfos de Rafa en 2006 y 2007), Nadal logró revalidar su título al vencer al suizo por un ajustado 7-5 y 7-5 en 1 hora y 43 minutos para lograr su primer título del año, convirtiéndose así en el primer tenista en ganar cuatro títulos consecutivos en Mónaco desde que lo hiciera Anthony Wilding en 1914 y el primero en lograrlo en la Era Open. Debutó el viernes, abriendo la serie contra Nicolas Kiefer, batiéndolo por 7-6(5), 6-0 y 6-3, después de los triunfos de David Ferrer y la dupla Fernando Verdasco/Feliciano López, Rafa decidió guardar energías para la gira de tierra batida y no jugó el domingo. En la 1.ª ronda se enfrentó al brasileño proveniente de la clasificación, Thomaz Bellucci, a quien derrotó por 7-5, 6-3 y 6-1. En 2.ª ronda enfrentó a otro jugador proveniente de la clasificación, el francés Nicolas Devilder, a quien venció con suma facilidad por 6-4, 6-0 y 6-1. En 3.ª ronda se enfrentó al finlandés Jarkko Nieminen, a quien ganó por un claro 6-1, 6-3 y 6-1. En 4.ª ronda se enfrentó a su compatriota Fernando Verdasco, siendo este el 4.º tenista zurdo que enfrentaba de forma consecutiva, a quien ganó por un claro 6-1, 6-0 y 6-2 avanzando a la segunda semana en París de forma categórica.