Junior clasifica a los octavos de final, enfrentándose con Atlético Nacional; perdió 1-0 en la ida con gol de Jonathan Copete, pero clasificó a los cuartos de final, ganando 2-0 en la vuelta gracias a la buena actuación de Jarlan Barrera y Roberto Ovelar. En el Torneo Apertura termina tercero del todos contra todos con 32 puntos, dos menos que el líder Deportes Tolima luego de una sufrida clasificación en el que se le dieron los resultados que necesitaba y venció 2-0 a Envigado F. C.. En la gran final se enfrenta con el equipo capitalino, Santa Fe, logrando un resultado importante de 2-0 en el estadio Metropolitano con goles de Juan David Pérez y Jorge Aguirre, que lo llevaba cómodo pero no confiado a la vuelta en el Estadio el Campín. Teófilo Gutiérrez es goleador del Torneo Apertura con 16 goles. En los octavos de final enfrenta a Jaguares de Chiapas, empatando 1 a 1 en Tuxtla Gutiérrez y 3 a 3 en Barranquilla, siendo eliminado por goles de visitante. En septiembre de 2021 se reanudaron las Eliminatorias Mundialistas con las fechas 9 (7), 6 (8) y 10 (9) respectivamente donde el 2 de septiembre, la Tricolor visitó a Bolivia en la altura de La Paz donde igualaron 1-1 con goles de Roger Martínez para adelantar al combinado patrio pero a falta de 8 minutos para el cierre, Fernando Saucedo empató para los locales con un certero remate de media distancia.
El primer entrenador que tuvo el combinado catalán fue José L. Lasplazas, periodista de Mundo Deportivo. Lista de 26 jugadores que fueron convocados para disputar los partidos de Eliminatorias para 2026 ante URU Uruguay el 15 de noviembre y ECU Ecuador el 19 de noviembre. El 16 de diciembre Junior alcanzaría su octava estrella ante Independiente Medellín, luego de ganar por un amplio marcador de 4-1 en el juego de ida disputado en el Metropolitano Roberto Meléndez de Barranquilla. Boca Juniors posee una racha actualmente vigente de 14 años sin perder ante el conjunto de Núñez. Tras el partido, el jugador ‘athleticzale’ habló para ESPN y demostró de nuevo su afición por los bonaerenses: «Boca es el equipo argentino que más me llama, por la afición, por la pasión que genera. Tengo 10 o 12 camisetas. Tengo una colección de camisetas, sí. A mi padre, cuando venía a Argentina y estaba en la cancha, camiseta de futbol le pedía por favor que me llamara al teléfono de casa para que me hiciera escuchar la salida de Boca». Jugador de Saprissa con más goles anotados en Copa Interclubes de la Uncaf: Walter Centeno 11 goles. Carlos Bacca logra coronarse goleador de la Copa Colombia con 11 goles.
Junior se impuso 5-4. En la final enfrentaría a Once Caldas, ganando 3-2 en Barranquilla (después de remontar un 0-2) y perdiendo 2-1 en Manizales definiendo el título con un 2-4 en los penales, logrando su séptimo título colombiano y la clasificación a la Copa Libertadores 2012. Igualmente, Carlos Bacca logró el Botín de Oro por 2° año consecutivo al anotar 12 goles (2 más que sus perseguidores Germán Cano del Pereira, Lionard Pajoy del Itagüí y su hermano John Pajoy del Once Caldas). Junior se enfrentó a Once Caldas en octavos de final donde ganaría ambos partidos, la ida de manera de visitante en Manizales con un solitario gol de Roberto Ovelar, y la vuelta en casa una goleada 3 a 0 donde repetiría gol de una manera casi calcada Roberto Ovelar, sellarían la victoria Jarlan Barrera quien fue la figura del partido y David Murillo. En la final, Junior enfrenta a Once Caldas. En casa los jugadores Yimmi Chará y Teófilo Gutiérrez después de haber clasificado con la Selección Colombia a la Copa Mundial de Fútbol de 2018 un día antes en Perú, se unen a la concentración del equipo y actúan los 90 minutos del partido donde un único gol de Roberto Ovelar, después de una jugada fabricada entre los ya mencionados, Teo y Chará, dándole el pase a Junior a su tercera final consecutiva.
En 1921 la Selección Argentina se consagró Campeón Sudamericano, destacándose su arquero Américo Tesoriere, que terminó con la valla invicta. Tan solo tres meses después de asumir la dirección técnica y las tres primeras fechas del campeonato, con una derrota (0-3), un empate (0-0) y una victoria (4-0), Jorge Luis Pinto dejaría esta y acepta una oferta para dirigir a la Selección Costa Rica. Su reemplazo fue José Eugenio ‘Cheché’ Hernández recomendado por el mismo Jorge Luis Pinto. Con una seguidilla de partidos, entre Liga y Copa Sudamericana, Junior utilizaba una nómina mixta para visitar al Patriotas Boyacá, partido que terminaría empatado 1 a 1 con un gol de Sebastián Hernández luego del rebote de un penal desperdiciado por Jarlan Barrera, y otra vez provocado por Luis Díaz. Se enfrentaba con Deportes Tolima el 23 y 27 de enero por haber quedado campeón el segundo semestre de 2018. El partido de ida se jugó en el Metropolitano de Barranquilla, por motivos de la Tabla de reclasificación 2018, en los primeros minutos Luis Díaz abrió el marcador para el equipo Currambero, pero después el equipo visitante remontó el marcador con un doblete de Marco Pérez para que en el partido de ida se fuera con ventaja a Ibagué el equipo Tolimense.